L'histoire parle d'un jeune homme nommé Emiya qui dans son enfance, a survécut à une tragédie dans laquelle son quartier et tous ses habitants ont brûlé suite à une guerre entre 7 magiciens "masters" et leurs puissants gardiens appellés "servants". Adopté ensuite par un magicien qui est décédé depuis, Emiya, avec ses faibles pouvoirs est maintenant capable d'analyser la structure des objets grâce à la magie. Une nuit, où il est témoin d'un terrible affrontement, Emiya invoque le meilleur servant, Saber...